J‘ai découvert l’épistémologie grâce à la lecture d’ouvrages de Gaston Bachelard et de Jean Piaget. Sous l’influence de la conception structuraliste de Piaget (Le Structuralisme, Que sais-je ? 1968), puis de la notion d’ « intégron » développée par François Jacob, (La logique du Vivant, NRF, Gallimard, 1970), je me suis intéressé à la question des niveaux d’organisation hiérarchiquement emboîtés. Avec Georges Chapouthier, j’ai écrit en 1970 un article intitulé « Sur certains problèmes posés par les concepts de structure et d’information en biologie » où nous discutions la pertinence du concept de structure, tel que défini par Piaget, en considérant différents niveaux d’organisation, de la cellule à la Biosphère (Publication 6). En 1972, dans le cadre d’un article consacré à la question de la finalité en biologie, j’ai proposé une définition du concept de structure inspirée de celle de Piaget, mais plus précisément adaptée au cas des systèmes vivants (Publication 13).

La partie vivante d’un écosystème, la biocénose, était pour moi un « intégron », se plaçant entre le niveau de la population et celui de la Biosphère, mais l’identification des biocénoses (et par là même des écosystèmes) n’allait pas sans poser des problèmes conceptuels et méthodologiques (Publication 22). Cette approche par niveaux d’intégration emboîtés a fortement influencé ma conception de l’organisation des systèmes écologiques (Publication28, Publication53, Publication72, Publication86, Publication93, Publication99, Publication122, Publication123, Publication213)

Les concepts de structure, de niveau d’intégration, sont au cœur du débat « Holisme vs. Réductionnisme ». J’ai été sollicité, en 1989, par Donato Bergandi, pour préparer sous ma direction une thèse de philosophie des sciences consacrée à cette question, thèse soutenue en 1995. Elle a donné lieu à plusieurs articles de Donato Bergandi et à des articles que nous avons publié ensemble (Publication150, Publication154.)

En 2005, la Société de Philosophie des Sciences, qui venait d’être créée, consacrait son premier congrès au thème « Le tout et la partie dans les sciences ». Invité à donner la conférence plénière, j’ai pu synthétiser l’ensemble de mes réflexions à partir de la question : l’écosystème existe-t-il ? (Publication 200)

Je me suis par ailleurs intéressé à certains aspects de l’histoire de l’écologie, en particulier sous l’angle de l’évolution de ses paradigmes : longtemps dominée par l’idée qu’en conditions non perturbées, les écosystèmes sont à l’équilibre, l’écologie s’inscrit désormais dans une vision transformiste selon laquelle changements et co-évolution sont la règle, ce qui n’est pas sans conséquence en matière de conservation de la nature (Publication 180) (voir aussi, pour les aspects historique : Blandin, 2009, De la protection de la nature au pilotage de la biodiversité, Editions Quae)